羊肚菌由于受到跳虫以及菌蚊等多种害虫的影响，其培养过程、产量与质量难以得到保障，为此应适当采取曝晒田地、灯光诱杀害虫以及药物辅助防控等综合防治管理方法对羊肚菌的种植过程进行严格把控。应坚持“预防为主、药防为辅”的原则进行综合管理工作。 在羊肚菌种植过程中，应对病虫害的防治给予高度重视，尽可能选择品种优良、菌丝健壮且传代较少的菌种，且将菌龄的选择标准控制在不超过40d，最好将种植时间安排在每年的11—12月，以控制气候因素，始终保持空气含氧量不低于羊肚菌生存标准。在羊肚菌的培养基中加入适量的保菇灵类药品，适当喷洒药物进行杀毒杀虫，以保持种植环境的整洁卫生。为做好预防工作，应在羊肚菌下种后定期喷水，以维持空气湿度与土壤湿度始终处于最佳状态，维持土壤内益生菌含量，以达到抑制病菌滋生的目的。应重视药物灭菌方法的正确使用，根据菌种及种植地实际情况将药物辅助灭菌工作分2次进行，第1次在培养基内进行，第2次可将灭菌药物喷洒在培养基周围与表面，从而达到杀菌消毒的作用，也为羊肚菌种植工作的顺利进行提供强有力的保障。